Use JUBE

Installation

on JURECA:
```
module load JUBE
```
Download and installation on cluster workstation:
- http://www.fz-juelich.de/ias/jsc/EN/Expertise/Support/Software/JUBE/JUBE2/jube-installation_node.html
- JUBE is installed in ~/.local/bin
- add ~/.local/bin to $PATH

Run JUBE scripts

Example for JUBE script:
- messy-clams/messy/util/xmessy_jube_clim.xml
copy JUBE script to working directory and change namelist data
run JUBE script:
```
jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tag]
```

JUBE script

Used files:
- Dummy makefile ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile_jube
- Dummy MESSy script ${BASEDIR}/messy/util/xmessy_mmd.jube
- Dummy namelist directory ${BASEDIR}/messy/nml/MBM/clams_jube
  - (dir_dummy_nml in namelistParam in JUBE script)
If the script is called with tag comp, the basemodel clams is recompiled. The Makefile in subdirectory clams is replaced by the dummy makefile Makefile_jube with the current replacements (parameterset makeParam)
There is one paraterset for each clams namelist.
Für jede in Messy-Clams genutzte Namelist gibt es ein entsprechendes Parameterset. Die aktuellen Angaben zu den verschiedenen Namelists werden in die Dummy-Namelists eingetragen, und die "fertigen" Namelists werden in das unter "NML_SETUP" angegebene Verzeichnis kopiert. Existiert dieses Verzeichnis schon, werden die Namelists dort überschrieben!
Im Dummy-Messy-Skript werden die in den Parametersets "jobscriptParameter" und "xmessy_mmd" angegebenen Parameter durch die aktuellen Angaben ersetzt.
Das Skript mit Ersetzungen wird in das aktuelle Arbeitsverzeichnis unter den Namen "xmessy_mmd.$EXP_NAME" kopiert.
Perpetuum-Läufe:
- im Parameterset "perpParam":
  - 'cycle' und 'messy_tools_dir' anpassen
  - alle weiteren Parameter können unverändert bleiben !
- Aufruf mit tag "perp"
- in timer.nml: Einstellungen so setzen, dass innerhalb eines Jahres KEINE RESTARTS geschrieben werden (->timer_no_cycles hochsetzen!)

ACHTUNG

Die Dateien im Namelist-Verzeichnis (NML_SETUP) werden überschrieben!
${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile wird überschrieben!
- (Falls neu compiliert wird: Aufruf mit "-t comp"')
Für perpetuum-Läufe: initfile wird überschrieben!
- -> Das Initfile muss Schreibrechte gesetzt haben! -> Für einen erneuten Lauf ab Startzeit muss das
  - Original-initfile wieder kopiert werden!
  -> Aufruf mit "-t perp"
clams.nml/clamsmix.nml:
- Die Anzahl der angegebenen Parameter kann variieren.
  => Im Moment sind 20 Platzhalter vorgesehen, nicht benötigte müssen mit
  - einem Leerstring belegt werden!
  => Werden mehr Platzhalter benötigt, muss das in der Dummy-Namelist und
  - im XML-Skript angepasst werden!
Bei Änderungen in den Namelists:
- => Änderung in Dummy-Namelist + Änderung in XML-Skript
Optionale Parameter:
- Sind in Messy vorbelegt, können angegeben oder weggelassen werden Mit JUBE: optionale Parameter müssen in Dummy-Namelist vorgesehen und in
  - XML-Skript belegt werden!

JUBE commands

jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tags]

jube continue messy_bench
 
jube analyse messy_bench  [--id ID]
jube result messy_bench

jube info messy_bench [--id ID] [--step xxx]
jube log messy_bench [--id ID] [--command cmd]

jube help keyword

jube comment [-a] "..." messy_bench [-i ID]
jube comment -i ID -- "..." messy_bench

Online documentation

https://apps.fz-juelich.de/jsc/jube/jube2/docu/index.html

Run with Scalasca (on JURECA)

jube run messy_clim.xml -t time scorep_comp scorep

module load Scalasca
scalasca -examine messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run
scalasca -examine -s messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run

-> scorep.score is created