Use JUBE

Installation

on JURECA:
```
module load JUBE
```
Download und Installation im Cluster:
- http://www.fz-juelich.de/ias/jsc/EN/Expertise/Support/Software/JUBE/JUBE2/jube-installation_node.html
- JUBE wird unter ~/.local/bin installiert
- ~/.local/bin zu $PATH zufügen

Ausführen des JUBE-Skripts

Beispiel-JUBE-Skript eingecheckt unter
- messy-clams/messy/util/xmessy_jube_clim.xml
JUBE-Skript ins Arbeitsverzeichnis kopieren und Namelist-Angaben anpassen.
JUBE-Skript ausführen mit:
```
jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tag]
```

JUBE-Skript

Benötigte Dateien (alle in Mercurial eingecheckt)
- Dummy-Makefile ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile_jube
- Dummy MESSy-Skript ${BASEDIR}/messy/util/xmessy_mmd.jube
- Dummy-Namelist-Verzeichnis ${BASEDIR}/messy/nml/MBM/clams_jube
  - ("dir_dummy_nml" in "namelistParam" im JUBE-Skript)
Wird das Skript mit dem Tag "comp" aufgerufen, wird das Basemodel "clams" neu compiliert. Hierbei wird das Makefile im Verzeichnis "clams" durch das Dummy-Makefile mit den aktuellen Ersetzungen (parameterset "makeParam") überschrieben!
Für jede in Messy-Clams genutzte Namelist gibt es ein entsprechendes Parameterset. Die aktuellen Angaben zu den verschiedenen Namelists werden in die Dummy-Namelists eingetragen, und die "fertigen" Namelists werden in das unter "NML_SETUP" angegebene Verzeichnis kopiert. Existiert dieses Verzeichnis schon, werden die Namelists dort überschrieben!
Im Dummy-Messy-Skript werden die in den Parametersets "jobscriptParameter" und "xmessy_mmd" angegebenen Parameter durch die aktuellen Angaben ersetzt.
Das Skript mit Ersetzungen wird in das aktuelle Arbeitsverzeichnis unter den Namen "xmessy_mmd.$EXP_NAME" kopiert.
Perpetuum-Läufe:
- im Parameterset "perpParam":
  - 'cycle' und 'messy_tools_dir' anpassen
  - alle weiteren Parameter können unverändert bleiben !
- Aufruf mit tag "perp"
- in timer.nml: Einstellungen so setzen, dass innerhalb eines Jahres KEINE RESTARTS geschrieben werden (->timer_no_cycles hochsetzen!)

ACHTUNG

Die Dateien im Namelist-Verzeichnis (NML_SETUP) werden überschrieben!
${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile wird überschrieben!
- (Falls neu compiliert wird: Aufruf mit "-t comp"')
Für perpetuum-Läufe: initfile wird überschrieben!
- -> Das Initfile muss Schreibrechte gesetzt haben! -> Für einen erneuten Lauf ab Startzeit muss das
  - Original-initfile wieder kopiert werden!
  -> Aufruf mit "-t perp"
clams.nml/clamsmix.nml:
- Die Anzahl der angegebenen Parameter kann variieren.
  => Im Moment sind 20 Platzhalter vorgesehen, nicht benötigte müssen mit
  - einem Leerstring belegt werden!
  => Werden mehr Platzhalter benötigt, muss das in der Dummy-Namelist und
  - im XML-Skript angepasst werden!
Bei Änderungen in den Namelists:
- => Änderung in Dummy-Namelist + Änderung in XML-Skript
Optionale Parameter:
- Sind in Messy vorbelegt, können angegeben oder weggelassen werden Mit JUBE: optionale Parameter müssen in Dummy-Namelist vorgesehen und in
  - XML-Skript belegt werden!

JUBE-Kommandos

jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tags]

jube continue messy_bench
 
jube analyse messy_bench  [--id ID]
jube result messy_bench

jube info messy_bench [--id ID] [--step xxx]
jube log messy_bench [--id ID] [--command cmd]

jube help keyword

Kommentare  aus xml-Skript nachträglich ändern:
jube comment [-a] "..." messy_bench [-i ID]
jube comment -i ID -- "..." messy_bench

Online-Doku zu JUBE

https://apps.fz-juelich.de/jsc/jube/jube2/docu/index.html

Mit Scalasca (auf JURECA)

jube run messy_clim.xml -t time scorep_comp scorep

module load Scalasca
scalasca -examine messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run
scalasca -examine -s messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run

-> scorep.score