Differences between revisions 2 and 7 (spanning 5 versions)
Revision 2 as of 2017-05-04 09:49:18
Size: 4111
Editor: NicoleThomas
Comment:
Revision 7 as of 2017-05-24 10:35:36
Size: 2025
Editor: NicoleThomas
Comment:
Deletions are marked like this. Additions are marked like this.
Line 1: Line 1:
= Use JUBE = = Use JUBE for messy-clams runs =
Line 10: Line 10:
 * Download und Installation im Cluster:  * Download and installation on cluster workstation:
Line 12: Line 12:
  * JUBE wird unter ~/.local/bin installiert
  * ~/.local/bin zu $PATH zufügen
  * JUBE is installed in ''~/.local/bin''
  * add ''~/.local/bin'' to $PATH
Line 16: Line 16:
== Ausführen des JUBE-Skripts == == JUBE script ==
Line 18: Line 18:
 * Beispiel-JUBE-Skript eingecheckt unter <<BR>>
   messy-clams/messy/util/xmessy_jube_clim.xml
 Used files:
  * Dummy makefile '''''${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile_jube'''''
  * Dummy MESSy script '''''${BASEDIR}/messy/util/xmessy_mmd.jube'''''
  * Dummy namelist directory '''''${BASEDIR}/messy/nml/MBM/clams_jube'''''
      (''dir_dummy_nml'' in ''namelistParam'' in JUBE script)
Line 21: Line 24:
 * JUBE-Skript ins Arbeitsverzeichnis kopieren und Namelist-Angaben anpassen.  * If the script is called with tag ''comp'', the basemodel ''clams'' is recompiled. The ''Makefile'' in subdirectory ''clams'' is replaced by the dummy makefile ''Makefile_jube'' with the current replacements (parameterset ''makeParam'')
Line 23: Line 26:
 * JUBE-Skript ausführen mit:  * There is one parameterset for each clams namelist.

 
== Run JUBE script ==

 * Example for JUBE script: <<BR>>
   '''''messy-clams/messy/util/xmessy_jube_clim.xml'''''

 * copy JUBE script to working directory and change namelist data in the script

 * run JUBE script:
Line 28: Line 41:

== JUBE-Skript ==

 * Benötigte Dateien (alle in Mercurial eingecheckt)
  * Dummy-Makefile ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile_jube
  * Dummy MESSy-Skript ${BASEDIR}/messy/util/xmessy_mmd.jube
  * Dummy-Namelist-Verzeichnis ${BASEDIR}/messy/nml/MBM/clams_jube
      ("dir_dummy_nml" in "namelistParam" im JUBE-Skript)


 * Wird das Skript mit dem Tag "comp" aufgerufen, wird das Basemodel "clams" neu compiliert. Hierbei wird das Makefile im Verzeichnis "clams" durch das Dummy-Makefile mit den aktuellen Ersetzungen (parameterset "makeParam") überschrieben!

 * Für jede in Messy-Clams genutzte Namelist gibt es ein entsprechendes Parameterset. Die aktuellen Angaben zu den verschiedenen Namelists werden in die Dummy-Namelists eingetragen, und die "fertigen" Namelists werden in das unter "NML_SETUP" angegebene Verzeichnis kopiert. Existiert dieses Verzeichnis schon, werden die Namelists dort überschrieben!

 * Im Dummy-Messy-Skript werden die in den Parametersets "jobscriptParameter" und "xmessy_mmd" angegebenen Parameter durch die aktuellen Angaben ersetzt.

 * Das Skript mit Ersetzungen wird in das aktuelle Arbeitsverzeichnis unter den Namen "xmessy_mmd.$EXP_NAME" kopiert.

 * Perpetuum-Läufe:
   * im Parameterset "perpParam":
     * 'cycle' und 'messy_tools_dir' anpassen
     * alle weiteren Parameter können unverändert bleiben !
   * Aufruf mit tag "perp"
   * in timer.nml: Einstellungen so setzen, dass innerhalb eines Jahres KEINE RESTARTS geschrieben werden (->timer_no_cycles hochsetzen!)

== ACHTUNG ==

 * Die Dateien im Namelist-Verzeichnis (NML_SETUP) werden überschrieben!
 * ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile wird überschrieben!
    (Falls neu compiliert wird: Aufruf mit "-t comp"')
 * Für perpetuum-Läufe: initfile wird überschrieben!
      -> Das Initfile muss Schreibrechte gesetzt haben!
      -> Für einen erneuten Lauf ab Startzeit muss das
                Original-initfile wieder kopiert werden!
             -> Aufruf mit "-t perp"

 * clams.nml/clamsmix.nml:
    Die Anzahl der angegebenen Parameter kann variieren.
    => Im Moment sind 20 Platzhalter vorgesehen, nicht benötigte müssen mit
       einem Leerstring belegt werden!
    => Werden mehr Platzhalter benötigt, muss das in der Dummy-Namelist und
       im XML-Skript angepasst werden!

 * Bei Änderungen in den Namelists:
    => Änderung in Dummy-Namelist + Änderung in XML-Skript

 * Optionale Parameter:
    Sind in Messy vorbelegt, können angegeben oder weggelassen werden
    Mit JUBE: optionale Parameter müssen in Dummy-Namelist vorgesehen und in
              XML-Skript belegt werden!


== JUBE-Kommandos ==
== JUBE commands ==
Line 95: Line 56:
Kommentare aus xml-Skript nachträglich ändern:
Line 100: Line 60:
== Online-Doku zu JUBE == == Online documentation ==
Line 105: Line 65:
== Mit Scalasca (auf JURECA) == == Run with Scalasca (on JURECA) ==
Line 107: Line 67:
{{{  {{{
Line 115: Line 75:
-> scorep.score -> scorep.score is created

Use JUBE for messy-clams runs

Installation

JUBE script

  • Used files:
    • Dummy makefile ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile_jube

    • Dummy MESSy script ${BASEDIR}/messy/util/xmessy_mmd.jube

    • Dummy namelist directory ${BASEDIR}/messy/nml/MBM/clams_jube

      • (dir_dummy_nml in namelistParam in JUBE script)

  • If the script is called with tag comp, the basemodel clams is recompiled. The Makefile in subdirectory clams is replaced by the dummy makefile Makefile_jube with the current replacements (parameterset makeParam)

  • There is one parameterset for each clams namelist.

Run JUBE script

  • Example for JUBE script:

    • messy-clams/messy/util/xmessy_jube_clim.xml

  • copy JUBE script to working directory and change namelist data in the script
  • run JUBE script:
    jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tag]

JUBE commands

  • jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tags]
    
    jube continue messy_bench
     
    jube analyse messy_bench  [--id ID]
    jube result messy_bench
    
    jube info messy_bench [--id ID] [--step xxx]
    jube log messy_bench [--id ID] [--command cmd]
    
    jube help keyword
    
    jube comment [-a] "..." messy_bench [-i ID]
    jube comment -i ID -- "..." messy_bench

Online documentation

https://apps.fz-juelich.de/jsc/jube/jube2/docu/index.html

Run with Scalasca (on JURECA)

  • jube run messy_clim.xml -t time scorep_comp scorep
    
    module load Scalasca
    scalasca -examine messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run
    scalasca -examine -s messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run

-> scorep.score is created

messy/UseJube (last edited 2018-04-25 08:14:54 by NicoleThomas)