Differences between revisions 2 and 5 (spanning 3 versions)

Use JUBE

Installation

on JURECA:
```
module load JUBE
```
Download and installation on cluster workstation:
- http://www.fz-juelich.de/ias/jsc/EN/Expertise/Support/Software/JUBE/JUBE2/jube-installation_node.html
- JUBE is installed in ~/.local/bin
- add ~/.local/bin to $PATH

Run JUBE scripts

Example for JUBE script:
- messy-clams/messy/util/xmessy_jube_clim.xml
copy JUBE script to working directory and change namelist data in the script
run JUBE script:
```
jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tag]
```

JUBE script

Used files:
- Dummy makefile ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile_jube
- Dummy MESSy script ${BASEDIR}/messy/util/xmessy_mmd.jube
- Dummy namelist directory ${BASEDIR}/messy/nml/MBM/clams_jube
  - (dir_dummy_nml in namelistParam in JUBE script)
If the script is called with tag comp, the basemodel clams is recompiled. The Makefile in subdirectory clams is replaced by the dummy makefile Makefile_jube with the current replacements (parameterset makeParam)
There is one paraterset for each clams namelist.

JUBE commands

jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tags]

jube continue messy_bench
 
jube analyse messy_bench  [--id ID]
jube result messy_bench

jube info messy_bench [--id ID] [--step xxx]
jube log messy_bench [--id ID] [--command cmd]

jube help keyword

jube comment [-a] "..." messy_bench [-i ID]
jube comment -i ID -- "..." messy_bench

Online documentation

https://apps.fz-juelich.de/jsc/jube/jube2/docu/index.html

Run with Scalasca (on JURECA)

jube run messy_clim.xml -t time scorep_comp scorep

module load Scalasca
scalasca -examine messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run
scalasca -examine -s messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run

-> scorep.score is created

-  ⇤ ← Revision 2 as of 2017-05-04 09:49:18 → 
  Size: 4111
  Editor: NicoleThomas
  Comment:
+   ← Revision 5 as of 2017-05-24 08:39:45 → ⇥
  Size: 2009
  Editor: NicoleThomas
  Comment:
-Deletions are marked like this.
+Additions are marked like this.
 Line 10:
- * Download und Installation im Cluster:
+ * Download and installation on cluster workstation:
 Line 12:
-  * JUBE wird unter ~/.local/bin installiert
  * ~/.local/bin zu $PATH zufügen
+  * JUBE is installed in ''~/.local/bin''
  * add ''~/.local/bin'' to $PATH
 Line 16:
-== Ausführen des JUBE-Skripts ==
+== Run JUBE scripts ==
 Line 18:
- * Beispiel-JUBE-Skript eingecheckt unter <<BR>>
   messy-clams/messy/util/xmessy_jube_clim.xml
+ * Example for JUBE script: <<BR>>
   '''''messy-clams/messy/util/xmessy_jube_clim.xml'''''
 Line 21:
- * JUBE-Skript ins Arbeitsverzeichnis kopieren und Namelist-Angaben anpassen.
+ * copy JUBE script to working directory and change namelist data in the script
 Line 23:
- * JUBE-Skript ausführen mit:
+ * run JUBE script:
 Line 29:
-== JUBE-Skript ==
+== JUBE script ==
 Line 31:
- * Benötigte Dateien (alle in Mercurial eingecheckt)
  * Dummy-Makefile ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile_jube
  * Dummy MESSy-Skript ${BASEDIR}/messy/util/xmessy_mmd.jube
  * Dummy-Namelist-Verzeichnis ${BASEDIR}/messy/nml/MBM/clams_jube
      ("dir_dummy_nml" in "namelistParam" im JUBE-Skript)
+ * Used files:
  * Dummy makefile '''''${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile_jube'''''
  * Dummy MESSy script '''''${BASEDIR}/messy/util/xmessy_mmd.jube'''''
  * Dummy namelist directory '''''${BASEDIR}/messy/nml/MBM/clams_jube'''''
      (''dir_dummy_nml'' in ''namelistParam'' in JUBE script)
 Line 37:
+ * If the script is called with tag ''comp'', the basemodel ''clams'' is recompiled. The ''Makefile'' in subdirectory ''clams'' is replaced by the dummy makefile ''Makefile_jube'' with the current replacements (parameterset ''makeParam'')
-Line 38:
+Line 39:
- * Wird das Skript mit dem Tag "comp" aufgerufen, wird das Basemodel "clams" neu compiliert. Hierbei wird das Makefile im Verzeichnis "clams" durch das Dummy-Makefile mit den aktuellen Ersetzungen (parameterset "makeParam") überschrieben!
+ * There is one paraterset for each clams namelist.
-Line 40:
+Line 41:
- * Für jede in Messy-Clams genutzte Namelist gibt es ein entsprechendes Parameterset. Die aktuellen Angaben zu den verschiedenen Namelists werden in die Dummy-Namelists eingetragen, und die "fertigen" Namelists werden in das unter "NML_SETUP" angegebene Verzeichnis kopiert. Existiert dieses Verzeichnis schon, werden die Namelists dort überschrieben!
-Line 42:
+Line 43:
- * Im Dummy-Messy-Skript werden die in den Parametersets "jobscriptParameter" und "xmessy_mmd" angegebenen Parameter durch die aktuellen Angaben ersetzt. 

 * Das Skript mit Ersetzungen wird in das aktuelle Arbeitsverzeichnis unter den Namen "xmessy_mmd.$EXP_NAME" kopiert.

 * Perpetuum-Läufe:
   * im Parameterset "perpParam":
     * 'cycle' und 'messy_tools_dir' anpassen
     * alle weiteren Parameter können unverändert bleiben !
   * Aufruf mit tag "perp"
   * in timer.nml: Einstellungen so setzen, dass innerhalb eines Jahres KEINE RESTARTS geschrieben werden (->timer_no_cycles hochsetzen!)

== ACHTUNG ==

 * Die Dateien im Namelist-Verzeichnis (NML_SETUP) werden überschrieben!
 * ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile wird überschrieben!
    (Falls neu compiliert wird: Aufruf mit "-t comp"')
 * Für perpetuum-Läufe: initfile wird überschrieben!
      -> Das Initfile muss Schreibrechte gesetzt haben!
      -> Für einen erneuten Lauf ab Startzeit muss das 
                Original-initfile wieder kopiert werden!
             -> Aufruf mit "-t perp"

 * clams.nml/clamsmix.nml:
    Die Anzahl der angegebenen Parameter kann variieren.
    => Im Moment sind 20 Platzhalter vorgesehen, nicht benötigte müssen mit 
       einem Leerstring belegt werden!
    => Werden mehr Platzhalter benötigt, muss das in der Dummy-Namelist und
       im XML-Skript angepasst werden!

 * Bei Änderungen in den Namelists: 
    => Änderung in Dummy-Namelist + Änderung in XML-Skript

 * Optionale Parameter: 
    Sind in Messy vorbelegt, können angegeben oder weggelassen werden
    Mit JUBE: optionale Parameter müssen in Dummy-Namelist vorgesehen und in
              XML-Skript belegt werden!


== JUBE-Kommandos ==
+== JUBE commands ==
-Line 95:
+Line 58:
-Kommentare  aus xml-Skript nachträglich ändern:
-Line 100:
+Line 62:
-== Online-Doku zu JUBE ==
+== Online documentation ==
-Line 105:
+Line 67:
-== Mit Scalasca (auf JURECA) ==
+== Run with Scalasca (on JURECA) ==
-Line 107:
+Line 69:
-{{{
+ {{{
-Line 115:
+Line 77:
--> scorep.score
+-> scorep.score is created