Use JUBE

Installation

• on JURECA:

  module load JUBE

• Download and installation on cluster workstation:

  • http://www.fz-juelich.de/ias/jsc/EN/Expertise/Support/Software/JUBE/JUBE2/jube-installation_node.html

  • JUBE is installed in ~/.local/bin

  • add ~/.local/bin to $PATH

Run JUBE scripts

• Example for JUBE script:
  

  • messy-clams/messy/util/xmessy_jube_clim.xml
• copy JUBE script to working directory and change namelist data
• run JUBE script:

  jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tag]

JUBE script

• Benötigte Dateien (alle in Mercurial eingecheckt)
  • Dummy-Makefile ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile_jube
  • Dummy MESSy-Skript ${BASEDIR}/messy/util/xmessy_mmd.jube
  • Dummy-Namelist-Verzeichnis ${BASEDIR}/messy/nml/MBM/clams_jube
    • ("dir_dummy_nml" in "namelistParam" im JUBE-Skript)
• Wird das Skript mit dem Tag "comp" aufgerufen, wird das Basemodel "clams" neu compiliert. Hierbei wird das Makefile im Verzeichnis "clams" durch das Dummy-Makefile mit den aktuellen Ersetzungen (parameterset "makeParam") überschrieben!
• Für jede in Messy-Clams genutzte Namelist gibt es ein entsprechendes Parameterset. Die aktuellen Angaben zu den verschiedenen Namelists werden in die Dummy-Namelists eingetragen, und die "fertigen" Namelists werden in das unter "NML_SETUP" angegebene Verzeichnis kopiert. Existiert dieses Verzeichnis schon, werden die Namelists dort überschrieben!
• Im Dummy-Messy-Skript werden die in den Parametersets "jobscriptParameter" und "xmessy_mmd" angegebenen Parameter durch die aktuellen Angaben ersetzt.
• Das Skript mit Ersetzungen wird in das aktuelle Arbeitsverzeichnis unter den Namen "xmessy_mmd.$EXP_NAME" kopiert.
• Perpetuum-Läufe:
  • im Parameterset "perpParam":
    • 'cycle' und 'messy_tools_dir' anpassen
    • alle weiteren Parameter können unverändert bleiben !
  • Aufruf mit tag "perp"

  • in timer.nml: Einstellungen so setzen, dass innerhalb eines Jahres KEINE RESTARTS geschrieben werden (->timer_no_cycles hochsetzen!)

ACHTUNG

• Die Dateien im Namelist-Verzeichnis (NML_SETUP) werden überschrieben!
• ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile wird überschrieben!
  • (Falls neu compiliert wird: Aufruf mit "-t comp"')
• Für perpetuum-Läufe: initfile wird überschrieben!

  • -> Das Initfile muss Schreibrechte gesetzt haben! -> Für einen erneuten Lauf ab Startzeit muss das

    • Original-initfile wieder kopiert werden!

    -> Aufruf mit "-t perp"

• clams.nml/clamsmix.nml:
  • Die Anzahl der angegebenen Parameter kann variieren.

    => Im Moment sind 20 Platzhalter vorgesehen, nicht benötigte müssen mit

    • einem Leerstring belegt werden!

    => Werden mehr Platzhalter benötigt, muss das in der Dummy-Namelist und

    • im XML-Skript angepasst werden!
• Bei Änderungen in den Namelists:

  • => Änderung in Dummy-Namelist + Änderung in XML-Skript

• Optionale Parameter:
  • Sind in Messy vorbelegt, können angegeben oder weggelassen werden Mit JUBE: optionale Parameter müssen in Dummy-Namelist vorgesehen und in
    • XML-Skript belegt werden!

JUBE commands

• jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tags]
  
  jube continue messy_bench
   
  jube analyse messy_bench  [--id ID]
  jube result messy_bench
  
  jube info messy_bench [--id ID] [--step xxx]
  jube log messy_bench [--id ID] [--command cmd]
  
  jube help keyword
  
  jube comment [-a] "..." messy_bench [-i ID]
  jube comment -i ID -- "..." messy_bench

Online documentation

https://apps.fz-juelich.de/jsc/jube/jube2/docu/index.html

Run with Scalasca (on JURECA)

• jube run messy_clim.xml -t time scorep_comp scorep
  
  module load Scalasca
  scalasca -examine messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run
  scalasca -examine -s messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run

-> scorep.score is created