Differences between revisions 1 and 7 (spanning 6 versions)

Use JUBE for messy-clams runs

Installation

on JURECA:
```
module load JUBE
```
Download and installation on cluster workstation:
- http://www.fz-juelich.de/ias/jsc/EN/Expertise/Support/Software/JUBE/JUBE2/jube-installation_node.html
- JUBE is installed in ~/.local/bin
- add ~/.local/bin to $PATH

JUBE script

Used files:
- Dummy makefile ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile_jube
- Dummy MESSy script ${BASEDIR}/messy/util/xmessy_mmd.jube
- Dummy namelist directory ${BASEDIR}/messy/nml/MBM/clams_jube
  - (dir_dummy_nml in namelistParam in JUBE script)
If the script is called with tag comp, the basemodel clams is recompiled. The Makefile in subdirectory clams is replaced by the dummy makefile Makefile_jube with the current replacements (parameterset makeParam)
There is one parameterset for each clams namelist.

Run JUBE script

Example for JUBE script:
- messy-clams/messy/util/xmessy_jube_clim.xml
copy JUBE script to working directory and change namelist data in the script
run JUBE script:
```
jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tag]
```

JUBE commands

jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tags]

jube continue messy_bench
 
jube analyse messy_bench  [--id ID]
jube result messy_bench

jube info messy_bench [--id ID] [--step xxx]
jube log messy_bench [--id ID] [--command cmd]

jube help keyword

jube comment [-a] "..." messy_bench [-i ID]
jube comment -i ID -- "..." messy_bench

Online documentation

https://apps.fz-juelich.de/jsc/jube/jube2/docu/index.html

Run with Scalasca (on JURECA)

jube run messy_clim.xml -t time scorep_comp scorep

module load Scalasca
scalasca -examine messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run
scalasca -examine -s messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run

-> scorep.score is created

-  ⇤ ← Revision 1 as of 2017-05-03 07:54:43 → 
  Size: 4198
  Editor: NicoleThomas
  Comment:
+   ← Revision 7 as of 2017-05-24 10:35:36 → ⇥
  Size: 2025
  Editor: NicoleThomas
  Comment:
-Deletions are marked like this.
+Additions are marked like this.
 Line 1:
-= Use JUBE =
+= Use JUBE for messy-clams runs =
 Line 10:
- * Download und Installation im Cluster:
   http://www.fz-juelich.de/ias/jsc/EN/Expertise/Support/Software/JUBE/JUBE2/jube-installation_node.html
   -> JUBE wird unter ~/.local/bin installiert
   -> ~/.local/bin zu $PATH zufügen
+ * Download and installation on cluster workstation:
  * http://www.fz-juelich.de/ias/jsc/EN/Expertise/Support/Software/JUBE/JUBE2/jube-installation_node.html
  * JUBE is installed in ''~/.local/bin''
  * add ''~/.local/bin'' to $PATH
 Line 16:
-Ausführen des JUBE-Skripts:
---------------------------
+== JUBE script ==
-Line 19:
+Line 18:
-Beispiel-JUBE-Skript eingecheckt unter:
    messy-clams/messy/util/xmessy_jube_clim.xml
+ Used files:
  * Dummy makefile '''''${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile_jube'''''
  * Dummy MESSy script '''''${BASEDIR}/messy/util/xmessy_mmd.jube'''''
  * Dummy namelist directory '''''${BASEDIR}/messy/nml/MBM/clams_jube'''''
      (''dir_dummy_nml'' in ''namelistParam'' in JUBE script)
-Line 22:
+Line 24:
-JUBE-Skript ins Arbeitsverzeichnis kopieren und Namelist-Angaben anpassen.
+ * If the script is called with tag ''comp'', the basemodel ''clams'' is recompiled. The ''Makefile'' in subdirectory ''clams'' is replaced by the dummy makefile ''Makefile_jube'' with the current replacements (parameterset ''makeParam'')
-Line 24:
+Line 26:
-JUBE-Skript ausführen mit:
   jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tag]
+ * There is one parameterset for each clams namelist.
-Line 27:
+Line 28:
+  == Run JUBE script ==
-Line 28:
+Line 31:
-JUBE-Skript:
------------
+ * Example for JUBE script: <<BR>>
   '''''messy-clams/messy/util/xmessy_jube_clim.xml'''''
-Line 31:
+Line 34:
-Benötigte Dateien (alle in Mercurial eingecheckt):
    - Dummy-Makefile ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile_jube
    - Dummy MESSy-Skript ${BASEDIR}/messy/util/xmessy_mmd.jube
    - Dummy-Namelist-Verzeichnis ${BASEDIR}/messy/nml/MBM/clams_jube
      ("dir_dummy_nml" in "namelistParam" im JUBE-Skript)
+ * copy JUBE script to working directory and change namelist data in the script
-Line 37:
+Line 36:
+ * run JUBE script:
 {{{
jube run xmessy_jube_clim.xml [-t tag]
}}}
-Line 38:
+Line 41:
-Wird das Skript mit dem Tag "comp" aufgerufen, wird das Basemodel "clams"
neu compiliert. Hierbei wird das Makefile im Verzeichnis "clams" durch das
Dummy-Makefile mit den aktuellen Ersetzungen (parameterset "makeParam") 
überschrieben!
+== JUBE commands ==
 Line 43:
-Für jede in Messy-Clams genutzte Namelist gibt es ein entsprechendes 
Parameterset.
Die aktuellen Angaben zu den verschiedenen Namelists werden in die 
Dummy-Namelists eingetragen, und die "fertigen" Namelists werden in 
das unter "NML_SETUP" angegebene Verzeichnis kopiert.
Existiert dieses Verzeichnis schon, werden die Namelists dort überschrieben!

Im Dummy-Messy-Skript werden die in den Parametersets "jobscriptParameter"
und "xmessy_mmd" angegebenen Parameter durch die aktuellen Angaben ersetzt. 
Das Skript mit Ersetzungen wird in das aktuelle Arbeitsverzeichnis 
unter den Namen "xmessy_mmd.$EXP_NAME" kopiert.

Perpetuum-Läufe:
   im Parameterset "perpParam":
   - 'cycle' und 'messy_tools_dir' anpassen
   - alle weiteren Parameter können unverändert bleiben !
   => Aufruf mit tag "perp"
   => in timer.nml: Einstellungen so setzen, dass innerhalb eines Jahres
      KEINE RESTARTS geschrieben werden (->timer_no_cycles hochsetzen!)

ACHTUNG:
--------

  - Die Dateien im Namelist-Verzeichnis (NML_SETUP) werden überschrieben!
  - ${BASEDIR}/messy/mbm/clams/Makefile wird überschrieben!
    (Falls neu compiliert wird: Aufruf mit "-t comp"')
  - Für perpetuum-Läufe: initfile wird überschrieben!
      -> Das Initfile muss Schreibrechte gesetzt haben!
      -> Für einen erneuten Lauf ab Startzeit muss das 
                Original-initfile wieder kopiert werden!
             -> Aufruf mit "-t perp"

  - clams.nml/clamsmix.nml:
    Die Anzahl der angegebenen Parameter kann variieren.
    => Im Moment sind 20 Platzhalter vorgesehen, nicht benötigte müssen mit 
       einem Leerstring belegt werden!
    => Werden mehr Platzhalter benötigt, muss das in der Dummy-Namelist und
       im XML-Skript angepasst werden!

  - Bei Änderungen in den Namelists: 
    => Änderung in Dummy-Namelist + Änderung in XML-Skript

  - Optionale Parameter: 
    Sind in Messy vorbelegt, können angegeben oder weggelassen werden
    Mit JUBE: optionale Parameter müssen in Dummy-Namelist vorgesehen und in
              XML-Skript belegt werden!


JUBE-Kommandos:
---------------
+ {{{
-Line 106:
+Line 56:
-Kommentare  aus xml-Skript nachträglich ändern:
-Line 109:
+Line 58:
+}}}
-Line 110:
+Line 60:
-Online-Doku zu JUBE:
--------------------
+== Online documentation ==
-Line 117:
+Line 65:
-Mit Scalasca (auf JURECA):
--------------------------
+== Run with Scalasca (on JURECA) ==
-Line 120:
+Line 67:
-   jube run messy_clim.xml -t time scorep_comp scorep
+ {{{
jube run messy_clim.xml -t time scorep_comp scorep
-Line 122:
+Line 70:
-   module load Scalasca
   scalasca -examine messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run
   scalasca -examine -s messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run
                 -> scorep.score
+module load Scalasca
scalasca -examine messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run
scalasca -examine -s messy_bench/00000x/000003_exe/work/scorep_clams24_run
}}}
   
-> scorep.score is created