Diff for "Juropa/Libraries"

Differences between revisions 7 and 8

Library Installationen

Numerical Recipes installiert unter:
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90
Qhull-Library installiert unter:
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/qhull-2.6-mod
NetCDF-Installationen:
- JSC-Installation von netCDF 4.2:
  HDF5 1.8.9 installiert unter /usr/local/hdf5/v1.8.9_serial
  NetCDF 4.2 installiert unter /usr/local/netcdf/v4.2
- JSC-Installation von netCDF 4.0.1:
  HDF5 1.8.4 installiert unter /usr/local/hdf5/v1.8.4
  NetCDF 4.0.1 installiert unter /usr/local/netcdf/v4.0.1
Utils-Library installiert unter:
- mit netCDF 4.2: /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_netcdf4.2
- mit netCDF 4.0.1: /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils

Hilfsprogramme

Die Programme ncdump, ncgen und bm_file sind verlinkt nach:

/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/bin

Die NCO-Routinen sind unter /usr/local/bin verlinkt.

Nutzung der Libraries in CLaMS

Alle in CLaMS genutzten Libraries und die hierzu benötigten Module-Files werden in jeweils ein Verzeichnis gelinkt, welches dann beim Compilieren und Linken angegeben wird.

mit netCDF 4.2:
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4.2
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4.2
mit netCDF 4.0.1:
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod

Änderungen im Makefile

Für die Compilation der CLaMS-Pakete auf dem JUROPA mit dem Intel Compiler wurde mkincl/config/config.Linux_ifc erweitert. Es wird mit netCDF Version 4.2 compiliert. Die entsprechenden Verzeichnisse werden in den folgenden Zeilen gesetzt:

baseDir := /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108

libDir  := $(baseDir)/clams_lib_netcdf4.2
modDir  := $(baseDir)/clams_mod_netcdf4.2
netcdf_lib_file = -L$(libDir) -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lsz -lcurl

Für die Compilation mit netCDF4.0.1 müssen diese Zeilen wie folgt geändert werden:

libDir  := $(baseDir)/clams_lib
modDir  := $(baseDir)/clams_mod
netcdf_lib_file = -L$(libDir) -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lsz

-  ⇤ ← Revision 7 as of 2010-04-29 08:05:58 → 
  Size: 2688
  Editor: NicoleThomas
  Comment:
+   ← Revision 8 as of 2014-03-18 09:07:54 → ⇥
  Size: 2240
  Editor: NicoleThomas
  Comment:
-Deletions are marked like this.
+Additions are marked like this.
 Line 11:
-  * netCDF 3.6.3:  ''/usr/local/netcdf/v3.6.3''
  * [[ Juropa/Libraries/Netcdf4Installation | netCDF 4.0.1 (mit parallelem I/O)]]: <<BR>>
  ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local'' <<BR>>
  (Sources unter /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/hdf5-1.8.2 und <<BR>>
  /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/netcdf-4.0.1)
+  * JSC-Installation von netCDF 4.2: <<BR>>
  HDF5 1.8.9 installiert unter ''/usr/local/hdf5/v1.8.9_serial'' <<BR>>
  NetCDF 4.2 installiert unter ''/usr/local/netcdf/v4.2 ''
-Line 17:
+Line 15:
-  HDF5 1.8.3 installiert unter ''/usr/local/hdf5/v1.8.3'' (mit parallelem I/O, s. /usr/local/hdf5/v1.8.3/lib/libhdf5.settings) <<BR>>
+  HDF5 1.8.4 installiert unter ''/usr/local/hdf5/v1.8.4'' <<BR>>
-Line 22:
+Line 20:
-  * mit netCDF 3.6.3: ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils''
  * mit netCDF 4.0.1: ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_nc4''
+  * mit netCDF 4.2: ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_netcdf4.2''
  * mit netCDF 4.0.1: ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils''
-Line 31:
+Line 29:
-Die '''NCO'''-Routinen müssen ebenfalls von dort genommen werden, da die NCO-Routinen unter /usr/local/bin noch nicht mit netCDF-4 erstellt wurden.
+Die '''NCO'''-Routinen sind unter /usr/local/bin verlinkt.
-Line 37:
+Line 35:
- * mit netCDF 3.6.3:
+ * mit netCDF 4.2:
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4.2
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4.2

 * mit netCDF 4.0.1:
-Line 41:
+Line 43:
- * mit netCDF 4.0.1
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4

 * mit netCDF 4.0.1  (JSC-Installation):
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4_jsc
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4_jsc
-Line 51:
+Line 45:
-Für die Compilation der CLaMS-Pakete auf dem JUROPA mit dem Intel Compiler wurde '''mkincl/config/config.Linux_ifc''' erweitert und eingecheckt (Version 1.7).
Es wird mit netCDF Version 3.6.3 compiliert. Die entsprechenden Verzeichnisse werden in den folgenden Zeilen gesetzt:
+Für die Compilation der CLaMS-Pakete auf dem JUROPA mit dem Intel Compiler wurde '''mkincl/config/config.Linux_ifc''' erweitert.
Es wird mit netCDF Version 4.2 compiliert. Die entsprechenden Verzeichnisse werden in den folgenden Zeilen gesetzt:
-Line 55:
+Line 49:
-baseDir	:= $(HOME)/../jicg1108
+baseDir	:= /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108

libDir  := $(baseDir)/clams_lib_netcdf4.2
modDir  := $(baseDir)/clams_mod_netcdf4.2
netcdf_lib_file	= -L$(libDir) -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lsz -lcurl
 }}}

Für die Compilation mit netCDF4.0.1 müssen diese Zeilen wie folgt geändert werden:

 {{{
-Line 58:
+Line 61:
-netcdf_lib_file	= -L$(libDir) -lnetcdff -lnetcdf
+netcdf_lib_file	= -L$(libDir) -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lsz
-Line 60:
+Line 63:
-Für die Compilation mit netCDF4 müssen diese Zeilen wie folgt geändert werden:

 {{{
baseDir	:= $(HOME)/../jicg1108
libDir  := $(baseDir)/clams_lib_netcdf4
modDir  := $(baseDir)/clams_mod_netcdf4
netcdf_lib_file	= -L$(libDir) -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz
 }}}