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Line 1: Line 1:
## page was renamed from JuropaLibs
= JUROPA =
Line 9: Line 12:
 * NetCDF-Installationen:
  * Vers. 3.6.3: ''/usr/local/netcdf/v3.6.3''
  * Vers. 4.0.1 (mit hdf5 1.8.2 und parallelem I/O): ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local'' <<BR>>
  (Sources unter /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/hdf5-1.8.2 und <<BR>>
  /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/netcdf-4.0.1)
  * JSC-Installation von Vers. 4.0.1: ''/usr/local/netcdf/v4.0.1''
  * NetCDF-Installation:
  * JSC-Installation von netCDF 4.2: <<BR>>
  HDF5 1.8.9 installiert unter ''/usr/local/hdf5/v1.8.9_serial'' <<BR>>
  NetCDF 4.2 installiert unter ''/usr/local/netcdf/v4.2 ''
Line 18: Line 18:
  * mit netCDF 3.6.3: ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils''
  * mit netCDF 4.0.1: ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_nc4''		   * mit netCDF 4.2: ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_netcdf4.2''

== Hilfsprogramme ==

Die Programme '''ncdump''', '''ncgen''' und '''bm_file''' sind verlinkt nach:

  /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/bin

Die '''NCO'''-Routinen sind unter /usr/local/bin verlinkt.
Line 25: Line 32:
 * mit netCDF 3.6.3:
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod		  * mit netCDF 4.2:
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4.2
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4.2
Line 29: Line 36:
 * mit netCDF 4.0.1
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4

 * mit netCDF 4.0.1 (JSC-Installation):
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4_jsc
  * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4_jsc
Line 39: Line 39:
Für die Compilation der CLaMS-Pakete auf dem JUROPA mit dem Intel Compiler wurde '''mkincl/config/config.Linux_ifc''' erweitert und eingecheckt (Version 1.7).
Es wird mit netCDF Version 3.6.3 compiliert. Die entsprechenden Verzeichnisse werden in den folgenden Zeilen gesetzt:		 Für die Compilation der CLaMS-Pakete auf dem JUROPA mit dem Intel Compiler wurde '''mkincl/config/config.Linux_ifc''' erweitert.
Es wird mit netCDF Version 4.2 compiliert. Die entsprechenden Verzeichnisse werden in den folgenden Zeilen gesetzt:
Line 43: Line 43:
baseDir := $(HOME)/../jicg1108
libDir := $(baseDir)/clams_lib
modDir := $(baseDir)/clams_mod
netcdf_lib_file = -L$(libDir) -lnetcdff -lnetcdf		 baseDir := /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108

libDir := $(baseDir)/clams_lib_netcdf4.2
modDir := $(baseDir)/clams_mod_netcdf4.2
netcdf_lib_file = -L$(libDir) -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lsz -lcurl
Line 48: Line 49:

Für die Compilation mit netCDF4 müssen diese Zeilen wie folgt geändert werden:

 {{{
baseDir := $(HOME)/../jicg1108
libDir := $(baseDir)/clams_lib_netcdf4
modDir := $(baseDir)/clams_mod_netcdf4
netcdf_lib_file = -L$(libDir) -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz
 }}}

JUROPA

Library Installationen

  • Numerical Recipes installiert unter:

    • /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90

  • Qhull-Library installiert unter:

    • /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/qhull-2.6-mod

  • NetCDF-Installation:

    • JSC-Installation von netCDF 4.2:
      HDF5 1.8.9 installiert unter /usr/local/hdf5/v1.8.9_serial
      NetCDF 4.2 installiert unter /usr/local/netcdf/v4.2

  • Utils-Library installiert unter:

    • mit netCDF 4.2: /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_netcdf4.2

Hilfsprogramme

Die Programme ncdump, ncgen und bm_file sind verlinkt nach:

  • /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/bin

Die NCO-Routinen sind unter /usr/local/bin verlinkt.

Nutzung der Libraries in CLaMS

Alle in CLaMS genutzten Libraries und die hierzu benötigten Module-Files werden in jeweils ein Verzeichnis gelinkt, welches dann beim Compilieren und Linken angegeben wird.

  • mit netCDF 4.2:
    • /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4.2
    • /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4.2

Änderungen im Makefile

Für die Compilation der CLaMS-Pakete auf dem JUROPA mit dem Intel Compiler wurde mkincl/config/config.Linux_ifc erweitert. Es wird mit netCDF Version 4.2 compiliert. Die entsprechenden Verzeichnisse werden in den folgenden Zeilen gesetzt: 

  • baseDir := /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108

libDir  := $(baseDir)/clams_lib_netcdf4.2
modDir  := $(baseDir)/clams_mod_netcdf4.2
netcdf_lib_file = -L$(libDir) -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -lsz -lcurl

Juropa/Libraries (last edited 2014-03-19 09:07:39 by NicoleThomas)