Diff for "Juropa/Libraries"

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Library Installationen

Numerical Recipes installiert unter:
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90
Qhull-Library installiert unter:
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/qhull-2.6-mod
NetCDF-Installationen:
- netCDF 3.6.3: /usr/local/netcdf/v3.6.3
- netCDF 4.0.1 (mit parallelem I/O):
  /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local
  (Sources unter /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/hdf5-1.8.2 und
  /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/netcdf-4.0.1)
- JSC-Installation von netCDF 4.0.1:
  HDF5 1.8.3 installiert unter /usr/local/hdf5/v1.8.3 (mit parallelem I/O, s. /usr/local/hdf5/v1.8.3/lib/libhdf5.settings)
  NetCDF 4.0.1 installiert unter /usr/local/netcdf/v4.0.1
Utils-Library installiert unter:
- mit netCDF 3.6.3: /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils
- mit netCDF 4.0.1: /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_nc4

Hilfsprogramme

Die Programme ncdump, ncgen und bm_file sind verlinkt nach:

/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/bin

Die NCO-Routinen müssen ebenfalls von dort genommen werden, da die NCO-Routinen unter /usr/local/bin noch nicht mit netCDF-4 erstellt wurden.

Nutzung der Libraries in CLaMS

Alle in CLaMS genutzten Libraries und die hierzu benötigten Module-Files werden in jeweils ein Verzeichnis gelinkt, welches dann beim Compilieren und Linken angegeben wird.

mit netCDF 3.6.3:
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod
mit netCDF 4.0.1
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4
mit netCDF 4.0.1 (JSC-Installation):
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4_jsc
- /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4_jsc

Änderungen im Makefile

Für die Compilation der CLaMS-Pakete auf dem JUROPA mit dem Intel Compiler wurde mkincl/config/config.Linux_ifc erweitert und eingecheckt (Version 1.7). Es wird mit netCDF Version 3.6.3 compiliert. Die entsprechenden Verzeichnisse werden in den folgenden Zeilen gesetzt:

baseDir := $(HOME)/../jicg1108
libDir  := $(baseDir)/clams_lib
modDir  := $(baseDir)/clams_mod
netcdf_lib_file = -L$(libDir) -lnetcdff -lnetcdf

Für die Compilation mit netCDF4 müssen diese Zeilen wie folgt geändert werden:

baseDir := $(HOME)/../jicg1108
libDir  := $(baseDir)/clams_lib_netcdf4
modDir  := $(baseDir)/clams_mod_netcdf4
netcdf_lib_file = -L$(libDir) -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz

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  Editor: NicoleThomas
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+Additions are marked like this.
 Line 1:
+## page was renamed from JuropaLibs
-Line 4:
+Line 5:
-  /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90
+  ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90''
-Line 7:
+Line 8:
-   /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/qhull-2.6-mod
+   ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/qhull-2.6-mod''
-Line 10:
+Line 11:
-  * Vers. 3.6.3: unter /usr/local/netcdf/v3.6.3
  * Vers. 4.0.1 (mit hdf5 1.8.2 und parallelem I/O): unter /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local 
   (Sources unter /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/hdf5-1.8.2 und /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/netcdf-4.0.1)
  * JSC-Installation von Vers. 4.0.1: unter /user/local/netcdf/v4.0.1)
+  * netCDF 3.6.3:  ''/usr/local/netcdf/v3.6.3''
  * [[ Juropa/Libraries/Netcdf4Installation | netCDF 4.0.1 (mit parallelem I/O)]]: <<BR>>
  ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local'' <<BR>>
  (Sources unter /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/hdf5-1.8.2 und <<BR>>
  /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/netcdf-4.0.1)
  * JSC-Installation von netCDF 4.0.1: <<BR>>
  HDF5 1.8.3 installiert unter ''/usr/local/hdf5/v1.8.3'' (mit parallelem I/O, s. /usr/local/hdf5/v1.8.3/lib/libhdf5.settings) <<BR>>
  NetCDF 4.0.1 installiert unter ''/usr/local/netcdf/v4.0.1 ''
-Line 17:
+Line 22:
-  * mit netCDF 3.6.3 unter: /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils
  * mit netCDF 4.0.1 unter: /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_nc4
+  * mit netCDF 3.6.3: ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils''
  * mit netCDF 4.0.1: ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_nc4''

== Hilfsprogramme ==

Die Programme '''ncdump''', '''ncgen''' und '''bm_file''' sind verlinkt nach: 

  /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/bin

Die '''NCO'''-Routinen müssen ebenfalls von dort genommen werden, da die NCO-Routinen unter /usr/local/bin noch nicht mit netCDF-4 erstellt wurden.
-Line 35:
+Line 48:
+== Änderungen im Makefile ==

Für die Compilation der CLaMS-Pakete auf dem JUROPA mit dem Intel Compiler wurde '''mkincl/config/config.Linux_ifc''' erweitert und eingecheckt (Version 1.7).
Es wird mit netCDF Version 3.6.3 compiliert. Die entsprechenden Verzeichnisse werden in den folgenden Zeilen gesetzt:

 {{{
baseDir	:= $(HOME)/../jicg1108
libDir  := $(baseDir)/clams_lib
modDir  := $(baseDir)/clams_mod
netcdf_lib_file	= -L$(libDir) -lnetcdff -lnetcdf
 }}}

Für die Compilation mit netCDF4 müssen diese Zeilen wie folgt geändert werden:

 {{{
baseDir	:= $(HOME)/../jicg1108
libDir  := $(baseDir)/clams_lib_netcdf4
modDir  := $(baseDir)/clams_mod_netcdf4
netcdf_lib_file	= -L$(libDir) -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz
 }}}