Diff for "Juropa/Libraries/Netcdf4Installation"

Differences between revisions 2 and 4 (spanning 2 versions)

Installation von NetCDF4 (mit parallelem I/O) auf dem JUROPA

1. zlib installieren

Version 1.2.3

./configure --prefix=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local 
make check install

2. HDF5 installieren

Version 5-1.8.2

CC=mpicc ./configure --enable-parallel --prefix=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local --with-zlib=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local --disable-shared
make
make check
make install

3. NetCDF4 installieren

Version 4.0.1

Umgebungsvariablen setzen (s. /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/config/setenv.netcdf):

export CC=mpicc
export CFLAGS=-O
export FC=mpif90
export FFLAGS=-O
export F90=mpif90
export F90FLAGS=-O
export FLIBS=-Vaxlib
export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran"
CXX=

Konfigurieren (s. /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/config/configure.netcdf):

./configure --enable-netcdf-4 --enable-benchmarks --disable-cxx --prefix=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local --with-hdf5=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local --with-zlib=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local

--enable-benchmarks : muss angegeben werden, damit "bm_file" erzeugt wird

--disable-cxx : c++-Library läßt sich nicht installieren!

Compilieren, testen und installieren:

make
make check
make install

4. Links setzen

Folgende Libraries nach /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4 linken:

/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/lib/libz.a
/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/lib/libhdf5.a
/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/lib/libhdf5_hl.a
/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/lib/libnetcdf.a
/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90/lib/libnumrec.a
/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/qhull-2.6-mod/libqhull.a

Folgende Module-Files nach /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4 linken:

/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/include/netcdf.mod
/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/include/typesizes.mod
/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90/mod/nr.mod
/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90/mod/nrtype.mod
/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90/mod/nrutil.mod

Folgendes Programm nach /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/bin kopieren:

/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/netcdf-4.0.1/nc_test4/bm_file

(Binaries von HDF5 und ncdump,ncgen sind bei der Installation schon dorthin kopiert worden!)

5. UDUnits installieren

Version 2.1.11

./configure --prefix=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local CC=mpicc
make
make check
make install

6. NCO installieren

Version 3.9.8

Version 3.9.9: Fehlermeldung bei "make" in Chunking-Routinen!

Konfigurieren (s. /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/config/configure.nco)

./configure --prefix=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local --enable-netcdf4 --enable-udunits2 --disable-shared CC=mpicc NETCDF4_ROOT=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local HDF5_LIB_DIR=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local UDUNITS2_PATH=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local NETCDF_INC=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/include NETCDF_LIB=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/lib

make
make install

C++-Library läßt sich nicht installieren, da keine C++-Library für NetCDF angelegt werden konnte!

7. Utils-Library erstellen

Utils-Library unter /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_netcdf4

/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_netcdf4/mkincl/config/config.Linux_ifc ändern:

libDir  := $(baseDir)/clams_lib_netcdf4
modDir  := $(baseDir)/clams_mod_netcdf4
netcdf_lib_file = -L$(libDir) -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz

gmake useComp=ifc useMPI=true theLibrary

utils-Library nach /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4 linken

mod-Files nach /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4 linken

Juropa/Libraries/Netcdf4Installation (last edited 2010-04-29 08:06:45 by NicoleThomas)

-  ⇤ ← Revision 2 as of 2010-02-26 09:23:25 → 
  Size: 541
  Editor: NicoleThomas
  Comment:
+   ← Revision 4 as of 2010-03-01 10:28:41 → ⇥
  Size: 3942
  Editor: NicoleThomas
  Comment:
-Deletions are marked like this.
+Additions are marked like this.
 Line 1:
-=== Installation von NetCDF4 auf dem JUROPA ===
+## page was renamed from JuropaNetcdf4
=== Installation von NetCDF4 (mit parallelem I/O) auf dem JUROPA ===
-Line 22:
+Line 23:
-==== 3. NetCDF installieren ====
+==== 3. NetCDF4 installieren ====

Version 4.0.1

Umgebungsvariablen setzen (s. ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/config/setenv.netcdf''):
{{{
export CC=mpicc
export CFLAGS=-O
export FC=mpif90
export FFLAGS=-O
export F90=mpif90
export F90FLAGS=-O
export FLIBS=-Vaxlib
export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran"
CXX=
}}}

Konfigurieren (s. ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/config/configure.netcdf''):
{{{
./configure --enable-netcdf-4 --enable-benchmarks --disable-cxx --prefix=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local --with-hdf5=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local --with-zlib=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local 
}}}

''--enable-benchmarks'' : muss angegeben werden, damit "bm_file" erzeugt wird

''--disable-cxx'' : c++-Library läßt sich nicht installieren!
-Line 25:
+Line 50:
-==== UDUnits installieren ====
+Compilieren, testen und installieren:
{{{
make
make check
make install
}}}
-Line 27:
+Line 57:
-==== NCO installieren ====
+==== 4. Links setzen ====

Folgende Libraries nach '''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4''' linken:

 * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/lib/libz.a
 * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/lib/libhdf5.a
 * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/lib/libhdf5_hl.a
 * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/lib/libnetcdf.a
 * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90/lib/libnumrec.a
 * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/qhull-2.6-mod/libqhull.a

Folgende Module-Files nach '''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4''' linken:

 * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/include/netcdf.mod
 * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/include/typesizes.mod
 * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90/mod/nr.mod
 * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90/mod/nrtype.mod
 * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/numrec-f90/mod/nrutil.mod

Folgendes Programm nach '''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/bin''' kopieren:

 * /lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/netcdf-4.0.1/nc_test4/bm_file

(Binaries von HDF5 und ncdump,ncgen sind bei der Installation schon  dorthin kopiert worden!)


==== 5. UDUnits installieren ====

Version 2.1.11

{{{
./configure --prefix=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local CC=mpicc
make
make check
make install
}}}

==== 6. NCO installieren ====

Version 3.9.8

Version 3.9.9: Fehlermeldung bei "make" in Chunking-Routinen!

Konfigurieren (s. ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/config/configure.nco'')
{{{
./configure --prefix=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local --enable-netcdf4 --enable-udunits2 --disable-shared CC=mpicc NETCDF4_ROOT=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local HDF5_LIB_DIR=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local UDUNITS2_PATH=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local NETCDF_INC=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/include NETCDF_LIB=/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/local/lib
}}}

{{{
make
make install
}}}

C++-Library läßt sich nicht installieren, da keine C++-Library für NetCDF angelegt werden konnte!



==== 7. Utils-Library erstellen ====

Utils-Library unter ''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_netcdf4'' 

/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/utils_netcdf4/mkincl/config/config.Linux_ifc ändern:
{{{
libDir  := $(baseDir)/clams_lib_netcdf4
modDir  := $(baseDir)/clams_mod_netcdf4
netcdf_lib_file	= -L$(libDir) -lnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz
}}}

{{{
gmake useComp=ifc useMPI=true theLibrary
}}}

utils-Library nach '''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_lib_netcdf4''' linken

mod-Files nach '''/lustre/jhome4/jicg11/jicg1108/clams_mod_netcdf4''' linken